पनीर पाचन तंत्र के लिए लाभकारी भी हो सकता है। पाचन को ठीक करने के लिए कई बार प्रोबायोटिक की जरूरत पड़ती है। प्रोबायोटिक्स सूक्ष्मजीव होते हैं, जिनका सेवन फर्मेंटेड खाद्य पदार्थों या सप्लीमेंट्स के जरिए किया जा सकता है।