जिन्को बाइलोबा में पाये जाने वाले एंटीऑक्सीडेंट, टरपेनोइड्स, फ्लेवोनॉयड्स और पॉली फेनोलिक यौगिक मिलकर, पूरे शरीर में मुक्त कणों को खत्म करने के लिये मदद करते है। ये सेलुलर चयापचय के खतरनाक उप-उत्पाद होते हैं जो स्वस्थ कोशिकाओं पर हमला करते हैं। जिन्को बाइलोबा पूरे शरीर को क्रोनिक बीमारियों से सुरक्षित रखने में मदद कर सकता है, विशेष रूप से कैंसर और हृदय रोग, क्योंकि मुक्त कण हृदय प्रणाली की रक्त वाहिकाओं की दीवारों को कमजोर करते हैं।